1986年7月，佛山海關(guān)三水工作組成立，后來發(fā)展成為科級辦事處。

1993年7月，乘三水撤縣建市的東風(fēng)，經(jīng)國務(wù)院批準，中華人民共和國三水海關(guān)正式設(shè)立！同年10月16日正式掛牌,正式成立。

三水海關(guān)受廣州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，關(guān)區(qū)管轄范圍包括佛山市三水區(qū)的9個鎮(zhèn)（街道）。主要業(yè)務(wù)種類有：監(jiān)管進出境運輸車輛、來往港澳小型船舶、監(jiān)管進出口貨物、征收關(guān)稅和其他稅費，辦理轄區(qū)內(nèi)“三資”企業(yè)、保稅倉庫的注冊登記、報關(guān)員的注冊登記，加工貿(mào)易企業(yè)的合同備案、核銷與執(zhí)行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動，編制海關(guān)統(tǒng)計等。