在海南自由貿(mào)易港的政策制度體系中，特殊的稅收制度被賦予了更重要的地位。按照零關(guān)稅、低稅率、簡稅制、強法治、分階段的原則，逐步建立與高水平自由貿(mào)易港相適應(yīng)的稅收制度。

零關(guān)稅。全島封關(guān)運作前，對部分進(jìn)口商品，免征進(jìn)口關(guān)稅、進(jìn)口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。全島封關(guān)運作、簡并稅制后，對進(jìn)口征稅商品目錄以外、允許海南自由貿(mào)易港進(jìn)口的商品，免征進(jìn)口關(guān)稅。

2.低稅率。對在海南自由貿(mào)易港實質(zhì)經(jīng)營的企業(yè)，實行企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率。對符合條件的個人，實行個人所得稅優(yōu)惠稅率。

3.簡稅制。結(jié)合我國稅制改革方向，探索推進(jìn)簡化稅制。改革稅種制度，降低間接稅比例，實現(xiàn)稅種結(jié)構(gòu)簡單科學(xué)、稅制要素充分優(yōu)化、稅負(fù)水平明顯降低、收入歸屬清晰、財政收支大體均衡。

4.強法治。稅收管理部門按實質(zhì)經(jīng)濟活動所在地和價值創(chuàng)造地原則對納稅行為進(jìn)行評估和預(yù)警，制定簡明易行的實質(zhì)經(jīng)營地、所在地居住判定標(biāo)準(zhǔn)，強化對偷漏稅風(fēng)險的識別，防范稅基侵蝕和利潤轉(zhuǎn)移，避免成為“避稅天堂”。積極參與國際稅收征管合作，加強涉稅情報信息共享。加強稅務(wù)領(lǐng)域信用分類服務(wù)和管理，依法依規(guī)對違法失信企業(yè)和個人采取相應(yīng)措施。

5.分階段。按照海南自由貿(mào)易港建設(shè)的不同階段，分步驟實施零關(guān)稅、低稅率、簡稅制的安排，最終形成具有國際競爭力的稅收制度。